A Diretoria de Projetos e Estruturas Físicas (DOFIS) é o órgão responsável pela elaboração de projetos de edificações e estruturantes, competindo-lhe coordenar as atividades desenvolvidas, a partir das orientações e decisões tomadas pelo Reitor no tocante a projetos e edificações; atuar de forma propositiva para a solução de problemas de ordem técnica na sua área de atuação; supervisionar as atividades de fiscalização de obras, visando a mitigação de riscos intrínsecos à execução de obras de engenharia civil; adotar mecanismos e métodos analíticos eficientes na elaboração de projetos, em conformidade com a legislação vigente; executar as medidas formais relativas ao início e recebimento de obras, conforme determinação do(a) Reitor(a); atuar para a implantação e gestão de modelos energéticos convencionais e renováveis, e, exercer outras atribuições no âmbito de sua competência e campo de atuação. 

A Diretoria de Projetos e Estruturas Físicas (DOFIS) é composta pela Divisão de Projetos e Orçamento (DIPRO); Divisão de Construção e Fiscalização (DICOF), e Divisão de Gestão de Energias Convencionais e Renováveis (DIGEN).